يعتمد علاج ثقب القلب بين الأذينين عند الأطفال على حجم الثقب وتأثيره على وظيفة القلب. بعض الثقوب الصغيرة قد تنغلق تلقائيًا مع نمو الطفل ولا تحتاج إلا إلى المتابعة الدورية مع طبيب القلب.

أما إذا كان الثقب كبيرًا أو يسبب أعراضًا ومضاعفات، فقد يوصي الطبيب بإغلاقه من خلال القسطرة القلبية باستخدام جهاز مخصص، أو بالجراحة في بعض الحالات. ويحدد نوع العلاج المناسب بعد الفحص السريري وإجراء الأشعة والفحوصات اللازمة لتقييم حالة الطفل بدقة.